Tad sākās lielais pārmaiņu laiks. Atgūstot Latvijas neatkarību, iekšējos ūdeņos uz laiku tika pārtraukta zivju zveja ar tīkliem. Par šo laika periodu vislabāk liecina makšķernieka Jāņa Birzaka (zinātnieka Jāņa Birzaka uzvārda brāļa) veiktā 200 makšķernieku aptauja, kurā redzams, kā auga makšķernieku lomi laikā, kad ezers bija brīvs no tīkliem, un kā tie katastrofāli kritās, kad atjaunoja tīklu zveju. Tas bija par pamatu tam, ka 2002. gadā nolēmu veikt aptauju par iedzīvotāju attieksmi pret tīklu zveju Burtnieku ezerā.